1.消除传染源 脑膜炎奈瑟菌主要经飞沫传播，故就地治疗隔离病人，消除传染源是非常必要的，通常至少在治疗的头24h应隔离可疑的病人。
2.药物预防和疫苗预防 药物和疫苗预防对于降低流行性脑脊髓膜炎发病率，控制流行性脑脊髓膜炎的流行是安全和有效的，已起到十分重要的作用。如对带菌者或易感人群，可用青霉素、利福平、米诺环素进行药物预防，或应用含有A、C、Y、W-135血清型的四价疫苗接种进行免疫预防。但药物和疫苗预防能否保护易感者预防呼吸系统的原发感染，目前尚无这方面的资料，尚待观察研究。
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